Gon Freaks é um garoto que vive na Ilha da Baleia junto com sua tia Mito. Um dia, enquanto caminha pela floresta, ele é atacado por um terrível urso-raposa, mas é salvo por um estranho que diz ser um Hunter, uma espécie de aventureiro que passa a vida em busca de tesouros e artefatos raros.

Gon descobre que seu pai não morreu e que também é um Hunter, e assim decide que vai se tornar um. Por ter crescido na floresta, ele tem diversos dons especiais e uma percepção excelente.

Enquanto presta os testes do Exame Hunter, ele conhece três grandes amigos: Leorio, Kurapika e Killua que vão acompanhá-lo em suas aventuras. Hunter x Hunter tem boas doses de aventura e ação que são permeadas por amizade, dedicação e coragem.